Die Pfarrkirche Kaprun, auch St. Margaretha auf dem Stein genannt, ist die römisch-katholische Pfarrkirche der Pfarre Kaprun. Kaprun ist eine Gemeinde im Pinzgau des Landes Salzburg. Die Pfarre gehört zum Dekanat Stuhlfelden der Erzdiözese Salzburg. Patronin der Kirche ist die heilige Margareta von Antiochia.